Como segundo grupo tenemos los microorganismos (bacterias, arqueas, hongos, virus) que forman la microbiota del coral y que no son menos importantes para el coral ya que de ellos depende en gran parte la salud, adaptación y desarrollo del mismo.
La microbiota se encuentra en dos partes del coral principalmente, en la dermis donde forma el moco protector y en la mesodermis, existen otro tipo de bacterias endolíticas que se sitúan en la parte más profunda del coral y que a su vez alberga hongos, pero no se tiene claro todavía qué función realizan, se sabe que participan en el ciclo del nitrógeno y que promueven el crecimiento, haciendo que el coral deposite carbonato de calcio, produciendo estructuras más gruesas.
Estos microorganismos además aseguran el suministro de componentes críticos como la fijación del nitrógeno, fósforo y vitaminas y como se comentaba en un apartado anterior ayudan a la regulación fisiológica del coral proporcionando mayor fortaleza al estrés y a los cambios abióticos que se presentan. El coral por su parte les proporciona a los microorganismos un tejido donde alojarse de forma segura, alimento y un lugar seguro donde reproducirse.
¿Qué función tiene la microbiota?:
En la primera capa de la dermis donde se produce el moco, se albergan grandes cantidades de bacterias que se alimentan del mismo (el moco es una sustancia producida por el coral rica en compuestos orgánicos como glicoproteínas y lípidos) que desdoblan las bacterias para utilizar como fuentes de carbono y nitrógeno y a cambio le brinda protección al coral, produciendo en muchos casos antibióticos necesarios para la colonización bacteriana, que contrarrestan la invasión de bacterias y virus patógenos externos que pueden afectar la salud del coral, en conclusión son la primera línea de defensa, pero la función no para aquí, ellos sirven de alimento para el mismo coral vía pólipo y se encargan también del transporte de pequeñas partículas alimenticias a través del moco para llegar a la boca oral del pólipo. Pero tienen otra función adicional muy importante, que es transmitir información al resto de la colonia cuando se presenta un ataque de tipo físico (rompimiento, mordeduras, etc.), lo que hacen estas bacterias es activar la función de la melanina un pigmento natural que es transportado al lugar dañado o atacado para su cicatrización y a esta transmisión de información entre el microbioma, se le conoce como “Quorum Censing”
Las colonias bacterianas ubicadas en la mesodermis desempeñan funciones claves en el holobionte interviniendo en el ciclo del nitrógeno, carbono, azufre y otros metabolitos, por ejemplo, cuando la cantidad de nitrógeno disponible en el medio es muy baja, las bacterias son capaces de proporcionar al coral nitrógeno orgánico. La microbiota también tiene la capacidad de regular las poblaciones de dinoflagelados manteniendo una proporción equilibrada de nitrógeno y fosfato (El amonio producido por el coral es la fuente de nitrógeno inorgánica preferida de las zooxantelas y este es aprovechado por un mecanismo que logran las bacterias a través de nitrificación y desnitrificación restringiendo a la zooxantelas de la fuente de N2 para la fotosíntesis).
Existen estudios que comprueban que el microbioma puede realizar una reestructuración dinámica de simbiontes en condiciones adversas cambiantes, como mecanismo para la adaptación de los corales o con fin de responder a eventos de estrés o de blanqueamiento y que el coral pueda rápidamente revertir la condición a un coral saludable mediante el reclutamiento selectivo de un microbioma exógeno más adecuado. Entonces, la microbiota puede actuar como un amortiguador y retrasar la degradación simbiótica del coral versus dinoflagelado, pero cuando el coral está muy estresado y supera la capacidad amortiguadora de la microbiota, este puede cambiar los tipos de Symbiodiniaceae para mejorar la resistencia a los cambios ambientales, ambos procesos de cambio consumen grandes cantidades de energía y se traducen en decoloración transitoria, esperando que el holobionte sea capaz de adaptarse y recuperarse a un estado saludable. Más allá del estudio, la experiencia nos muestra estos cambios en los corales recién llegados, cuando observamos el coral cerrado, estresado y que paulatinamente va perdiendo su color, entonces podemos asumir que entró en una lucha por sobrevivir y que puso en marcha mecanismos de supervivencia como los mencionados.